Sốt vàng bắt đầu sau giai đoạn ủ bệnh từ ba đến sáu ngày. Hầu hết các trường hợp chỉ gây sốt nhẹ, nhức đầu, ớn lạnh, đau lưng, mệt mỏi, chán ăn, đau cơ, buồn nôn, và nôn. Trong những trường hợp này, nhiễm trùng chỉ kéo dài từ ba đến bốn ngày.Tuy nhiên, trong 15% trường hợp, người ta tiến vào giai đoạn thứ hai, độc của bệnh sốt tái phát, lần này cùng với vàng da do tổn thương gan, cũng như đau bụng. Chảy máu trong miệng, mắt, và đường tiêu hóa gây ra chất mỡ có máu, do đó có tên là sốt vàng. Cũng có thể có suy thận, nấc cục, và mê sảng.Giai đoạn độc hại gây tử vong trong khoảng 20 đến 50% trường hợp, làm cho tỷ lệ tử vong chung của bệnh khoảng 3,0 đến 7,5%. Tuy nhiên, tỷ lệ tử vong của những người có giai đoạn độc hại của bệnh có thể vượt quá 50%.Sống sót sau nhiễm trùng cung cấp miễn dịch suốt đời và thường không có kết quả gây tổn thương cơ vĩnh viễn.